Los riesgos son esencialmente los mismos de una placa de rayos X (radiación) y de los exámenes de sangre o inyecciones intravenosas.

Existe una muy leve exposición a radiación por el radioisótopo. El bazo tiende a recibir la mayor dosis de radiación porque los glóbulos blancos tienden a acumularse allí. La radiación de estos materiales es muy leve y son materiales que se "descomponen" (ya no son radioactivos) en muy corto tiempo; de hecho, toda radioactividad desaparece al cabo de uno o dos días. No hay casos documentados de lesión por exposición a radioisótopos. El escáner sólo detecta la radiación; no emite ningún tipo de radiación.

Sin embargo, como hay una leve exposición a radiación, la mayoría de las gammagrafías (incluyendo los de glóbulos blancos) no son recomendables para mujeres embarazadas o que estén amamantando (el radioisótopo puede ser excretado en la leche materna).

Existe un leve riesgo que siempre está presente cuando se penetra el cuerpo (para tomar una muestra de sangre o para inyectar alguna sustancia), que es básicamente la posibilidad de una infección o sangrado en el lugar de la punción. El riesgo de una gammagrafía de glóbulos blancos no es mayor al de la toma de una muestra de sangre o la inyección de una sustancia en la vena por otras razones.

En casos extremadamente raros, una persona puede experimentar una reacción alérgica al radioisótopo, incluyendo una anafilaxia, si se es muy sensible a la sustancia.

Las personas con enfermedades o condiciones críticas no deben demorar el procedimiento de gammagrafía.

Es posible que sea necesario realizar otros exámenes (como una tomografía computarizada o un ultrasonido) para confirmar la presencia de una inflamación o de una infección detectada a través de una gammagrafía anormal de glóbulos blancos.

En teoría, pueden haber resultados falsos negativos como consecuencia del uso de un antibiótico o de una infección crónica. Las infecciones en el hígado o en el bazo pueden ser pasadas por alto por la acumulación normal de glóbulos blancos en estos órganos.

Los resultados falsos positivos obedecen a diversas causas, como sangrado, presencia de sondas o catéteres fijos y heridas en la piel (como incisiones quirúrgicas), entre otras. La acumulación de glóbulos blancos en los pulmones no es necesariamente indicio de una infección pulmonar.