Los riesgos son esencialmente los mismos que para las radiografías (radiación) y las inyecciones intravenosas o la toma de muestras de sangre.

Hay una ligera exposición a la radiación producida por el radioisótopo. La radiación es mínima y los materiales _se descomponen_ (pierden su propiedad radioactiva) en un período de tiempo muy corto. Virtualmente la totalidad de la radioactividad desaparece del organismo en un período de 12 horas. No se han reportado casos de lesión por la exposición a los radioisótopos. El escáner no emite radiación, solamente la detecta.

Sin embargo, debido a la exposición leve a la radiación, la mayoría de los exámenes nucleares (incluyendo la gammagrafía de GRS) no son recomendables para las mujeres embarazadas o lactantes, ya que el radioisótopo puede excretarse en la leche materna.

Hay un riesgo leve de infección cada vez que se punza el cuerpo, como sucede durante una toma de muestra de sangre o inyección de una sustancia, lo cual implica la probabilidad de infección o de sangrado en el lugar de la punción. El riesgo de una gammagrafía de GRS no es mayor al que se tiene al tomar una muestra de sangre o al inyectar material en una vena por otras razones.

En muy raras ocasiones, una persona puede sufrir una reacción alérgica al radioisótopo, la cual puede incluso llevar a anafilaxia, si la persona es extremadamente sensible a la sustancia.

Es posible que se deba repetir el examen 1 ó 2 días después para detectar cualquier sangrado gastrointestinal.