El médico (otorrinolaringólogo), cirujano oral o neumólogo (especialista de los pulmones entrenado para realizar una broncoscopia) aplica con aerosol un anestésico tópico o local en la boca y garganta del paciente. Luego, inserta una cánula (una sonda metálica de unos 15 centímetros/6 pulgadas de largo y curvada en un extremo), introduciéndola por el extremo curvo, para sostener la lengua y dejar el paso libre. Se inyecta un anestésico a través de la cánula, permitiendo que éste descienda por la parte posterior de la garganta. Esto puede causar tos al principio, la cual cesa al aumentar la anestesia. Cuando el área se siente "gruesa" está suficientemente anestesiada. Se observa el tejido sospechoso y se extrae una pequeña muestra con una sacabocados de biopsia y se envía al laboratorio para que la examine el patólogo.
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