El neumólogo (persona especializada en el pulmón y capacitada para realizar una broncoscopia) rocía un anestésico local o tópico en la boca y la garganta del paciente. Inicialmente se produce una tos que desaparece a medida que el anestésico comienza a obrar. Cuando el área se siente "gruesa", se considera lo suficientemente insensibilizada. Para hacer que el paciente se relaje, se le pueden administrar medicamentos por vía intravenosa, haciendo que éste se adormezca. Si se realiza la broncoscopia a través de la nariz, primero se hace pasar una jalea anestésica por una de las fosas nasales y, cuando está insensibilizada, se introduce el broncoscopio hasta que pasa a través de la garganta hasta la tráquea y los bronquios. Por lo general se utiliza un broncoscopio flexible de menos de 1,3 cm (1/2 pulgada) de diámetro y más o menos 60 cm (2 pies) de largo. Mientras se utiliza el broncoscopio para examinar las vías respiratorias, el médico puede obtener muestras de las secreciones pulmonares para enviarlas a su análisis en el laboratorio. Se puede introducir solución salina para lavar el área y recoger células que pueden ser analizadas por un patólogo o microbiólogo. Esta parte del procedimiento se denomina "lavado" o lavado bronquial. Por lo general se utilizan cantidades pequeñas (5 a 10 cc ó 1 a 2 cucharaditas) de solución salina. En algunas circunstancias, se puede utilizar un volumen mayor de solución salina. En este procedimiento que se denomina lavado bronco-alveolar se instilan hasta 300 cc de solución salina (20 cucharadas) en la vía respiratoria después de que el broncoscopio se haya introducido lo más adentro posible y un pequeño conducto respiratorio esté completamente bloqueado (temporalmente) por éste. Este procedimiento se realiza para obtener una muestra de las células, líquidos y otros materiales que se encuentran en los conductos respiratorios muy pequeños y en los alvéolos (sacos aéreos). Además, es posible introducir cepillos, agujas o fórceps diminutos a través del broncoscopio para obtener muestras de tejido pulmonar. A veces, es posible realizar terapias con láser o con stent a través del broncoscopio. Rara vez se utiliza un broncoscopio rígido y, por lo general, requiere anestesia general.
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