Durante el examen, se usa ropa hospitalaria de tal forma que quede descubierta la parte inferior del cuerpo. La persona se debe acostar sobre su lado izquierdo con las rodillas dobladas hacia el tórax. Primero que todo, un gastroenterólogo (especialista en enfermedades del sistema digestivo) expone el ano de la persona y suavemente introduce un dedo enguantado y lubricado en el recto para dilatarlo y verificar si existe alguna obstrucción. Este procedimiento se conoce como examen rectal digital. Después, se introduce el sigmoidoscopio que es un tubo flexible de fibra óptica de aproximadamente 50 cm (20 pulgadas) de largo. El instrumento se avanza suavemente hacia el colon y se introduce aire a través de él para ayudar a tener una mejor visibilidad; aunque esto puede causar la urgencia de defecar. A medida que el sigmoidoscopio se retira lentamente, se examina con cuidado el revestimiento del intestino. El fórceps para la biopsia u otros instrumentos se pueden introducir a través de un canal en el sigmoidoscopio.
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