Se le administra al paciente un sedante y un analgésico. Un anestésico local en forma de aerosol se aplica en la boca para suprimir la necesidad de toser o de náusea cuando se introduzca el endoscopio. Para proteger los dientes y el endoscopio se introduce un protector bucal y se deben retirar las prótesis dentales removibles. Se puede insertar una línea intravenosa para administrar medicamentos durante el procedimiento y se le solicita al paciente acostarse sobre el lado izquierdo. Después de que el reflejo nauseoso ha sido suprimido por el anestésico, se avanza el endoscopio a través del esófago hasta el estómago y duodeno. Luego se introduce aire a través del endoscopio para aumentar la visualización, se examina la superficie de la mucosa enteral y se pueden tomar biopsias (muestras de tejido que son observadas bajo el microscopio) mediante el endoscopio. Cuando se ha examinado el área y se han tomado las biopsias, se retira el endoscopio y se le pide al paciente que tosa para expulsar todo el aire. Se restringen el alimento y los líquidos hasta que se recupere el reflejo de la tos. El examen dura de 30 a 60 minutos.
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