Se pueden presentar náuseas cuando se pasa el tubo hacia el esófago. Cuando se coloca el endoscopio se produce distensión del estómago y del duodeno; y en ocasiones puede sentirse el ensanchamiento de los conductos. El aire utilizado para inflar el estómago y el intestino puede causar la distensión. Después del procedimiento, el paciente puede presentar dolor de garganta por tres o cuatro días y algunas personas presentan una mala reacción al medio de contraste o las drogas utilizadas para relajar el duodeno que pueden causar síntomas como náusea, urticaria, sensación urente, visión borrosa y retención urinaria.
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