Las muestras pueden tomarse de múltiples formas, dependiendo del tipo de problema. Si existe una masa discreta, la muestra de tejido puede tomarse por medio de una aguja de aspiración. Si la muestra para la biopsia se toma a través de la aguja, se anestesia el sitio de punción, se introduce la aguja a través de la piel hacia el revestimiento o tejido que se va a analizar y con ella se saca una pequeña cantidad de tejido; luego se retira la aguja cubriendo el sitio de la punción para controlar cualquier sangrado y, en caso de que éste persista, se puede aplicar presión sobre el área.
Si existe una anomalía como una estenosis o bloqueo de los conductos biliares o pancreáticos, la muestra se puede tomar mediante procedimientos como una colangiopancreatografía retrógrada endoscópica (CPRE) o un colangiograma transhepático percutáneo (CTP). Si la muestra se toma por medio de una CPRE, se pasa un endoscopio a través de la boca hasta el duodeno, se inserta un catéter a través del endoscopio hasta el conducto biliar y luego se retira el tejido. Si se detecta un bloqueo o estenosis, se hace un cepillado en el área y se analiza el material obtenido. Si la muestra se toma por medio de un CTP, se anestesia el área de la punción, se inserta la aguja a través de la piel hacia los conductos y finalmente se inserta un catéter para obtener una muestra de los ductos.
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