Existen dos tipos de cistoscopios: el estándar rígido y el flexible. El método para introducirlo varía, pero el examen es el mismo. La elección del tipo de citoscopio que se va a emplear depende del propósito del examen que se realizará Si se usa el cistoscopio estándar rígido, la persona debe permanecer en la posición de litotomía (acostada sobre la espalda y con las rodillas flexionadas y separadas). Puede ser más sencillo insertar el citoscopio flexible que el modelo estándar rígido, ya que no es necesario adoptar la posición de litotomía. El procedimiento dura un promedio de 5 a 20 minutos. La uretra se lava y se le aplica anestesia local, luego se introduce el aparato a través de la uretra hasta llegar a la vejiga. A través del cistoscopio se introduce agua o solución salina hasta llenar la vejiga, cuando esto suceda la persona debe comentarle al médico la sensación que le produce, ya que esto provee información acerca de la condición de la persona. Mientras el agua llena la vejiga, sus paredes se distienden, permitiendo al médico una mejor observación de la totalidad de las mismas. Cuando la vejiga está llena, el paciente puede sentir el deseo de orinar; sin embargo, debe permanecer llena hasta completar la evaluación. Si aparece algún tejido anormal, se puede tomar una pequeña muestra (biopsia) a través del cistoscopio para analizarla.
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