Los riesgos se relacionan con el procedimiento que se utilice para obtener la muestra. Existe un tipo de riesgo especializado que consiste en que puede haberse presentado un resultado anormal durante el crecimiento de las células después de haberlas extraído del cuerpo; por esta razón, con frecuencia es prudente repetir la prueba de cariotipo para confirmar que se presenta una constitución cromosómica anormal en el cuerpo del paciente.

Existe una diferencia poco común entre el sexo aparente del paciente y sus cromosomas. Por ejemplo, puede parecer que el bebé tiene pene y llamársele niño, pero resulta que tiene el cromosoma de una niña. Esto puede crear problemas en cuanto a la manera como se lo debe educar, si se lo educa como niño o como niña.

La quimioterapia puede ocasionar una ruptura cromosómica que interfiere con los resultados normales. Algunas veces, se observan mezclas de dos poblaciones diferentes de células o de constituciones cromosómica, fenómeno conocido como mosaiquismo, el cual es más común en la muestra de vello coriónico o en la amniocentesis. Esto no necesariamente significa que el bebé tenga cromosomas anormales.

El médico también puede ordenar un examen llamado telómeros en el que se observan los extremos de los cromosomas y, a menudo, se solicita junto con el examen de cariotipo.