La mejor forma de prevenir la infección por el virus del Nilo Occidental es evitar las picaduras de los mosquitos. El uso de repelentes para mosquitos con DEET y la utilización de mangas y pantalones largos son la forma más efectiva de evitar las picaduras. Asimismo, la fumigación de los mosquitos en la comunidad puede prevenir su reproducción.

Los mosquitos se reproducen en aguas estancadas, por tal razón, se deben drenar de inmediato los charcos de agua incluso en pequeñas áreas como recipientes de basura o platos de maceteros.

Actualmente se está evaluando la realización de pruebas a la sangre y órganos donados, pero de momento no existen pautas.